L'épidémie de choléra en Haïti, de par son ampleur et son origine controversée, a suscité un regain d'intérêt pour l'étude de la genèse des épidémies de choléra. Parmi les nombreuses études menées sur ce sujet, beaucoup ont porté sur les aspects microbiologiques de l'épidémie, faisant appel à divers volets de la microbiologie tels que la microbiologie environnementale, le génotypage ou la comparaison de souches sur la base de leur génome total. Nous nous proposons ici de présenter les différentes approches et outils mis en œuvre pour étudier l'épidémie d'Haïti et d'en montrer l'intérêt dans l'étude du choléra en Afrique de l'Ouest et en Afrique Centrale. Pour ce faire, nous prendrons les exemples de deux épidémies qui se sont déroulées en République Démocratique du Congo en 2011 et en Guinée en 2012. L'accent sera mis non seulement sur les méthodes utilisées et les résultats microbiologiques obtenus, mais aussi sur les conséquences en termes de santé publique des avancées découlant de l'utilisation de ces nouvelles approches.