La prise en compte officielle des maladies non transmissibles par la plupart des Etats a fait émerger de nouveaux besoins en Afrique Subsaharienne. Cet
engagement s'inscrit dans la mouvance de l'OMS, qui a adopté un plan d'action 2008-2013 pour aborder la transition épidémiologique que vivent tous les pays Non seulement la lutte contre ces maladies sera particulièrement coûteuse, compte tenu des spécificités de certains programmes, mais de plus son impact ne sera souvent mesurable qu'à long, voire très long terme.
Cette option s'impose cependant, car en dépendent d'une part le développement socio-économique actuel des pays, d'autre part le niveau des dépenses de santé auxquelles
devront faire face les générations à venir. Mais il est impératif que cette nouvelle donne ne vienne pas fragiliser les programmes en cours qui sont orientés
vers la réalisation des OMD et doivent rester prioritaires, et dont les échéances doivent absolument être reconduites au-delà de 2015 dans le cadre des
objectifs qui seront prochainement fixés par les Nations Unies en faveur d'un Développement Durable à l'échéance 2030. Il est pour cela nécessaire que chaque
pays reprenne à la racine son processus de planification nationale pour éviter qu'une nouvelle série de programmes ne vienne aggraver la situation déjà fragile de nombre d'entr'eux. Cette reprise en main devra garantir la cohérence du nouveau système de santé qui devra voir le jour afin qu'il assurer son développement sanitaire de façon rationnelle.
Pour cela, il devra notamment s'attacher à procéder (i) au renforcement du système de santé, (ii) à réaliser l'intégration effective de tous les programmes de santé, qu'ils concernent la lutte contre les maladies transmissibles, la santé de la reproduction ou la lutte contre les maladies non transmissibles, (iii) à mobiliser de façon judicieuse les financements nécessaires, (iv) à mettre en place de nouveaux mécanisme de régulation. Et tout cela en tenant compte des caractéristiques géographiques, économiques et sanitaires de chaque pays, dont les variations
sont considérables.